Muziejuje vienas vertingiausių turtų – mokslinio archyvo bylos. Jose sukaupta muziejininkų nuoširdžiai rajone surinkta ir paruošta moksliniam tyrimui medžiaga – tikrasis išliekamasis informatyvus palikimas! Šiuo metu įregistruotų ir saugomų bylų priskaičiuojama 825 vienetai. Pirmoji byla mokslinio archyvo knygoje užregistruota 1970 m.
Muziejuje žurnalų, knygų, laikraščių inventorinimo Nr. 1 ir Nr. 2 knygose suregistruoti net 3522 spaudiniai. Pirmojo įrašo data – 1955 m. liepos 5 d.
2004 m. buvo peržiūrėti, sutikrinti bei sugrupuoti visi muziejuje esantys spaudiniai. Suregistruoti ir laikraščiai, kurie, guvaus muziejininko Povilo Šverebo dėka, atkeliavo iš Mažeikių rajono laikraščio „Santarvė“ redakcijos. Anot muziejininko Algimanto Muturo, „į muziejų sutempti ant pečių“ laikraščių komplektai nukelia net į 1946 m. Tai „Mažeikių tiesos“, „Komunistinio rytojaus“, „Pergalės vėliavos“ komplektai: suskaityti, aptrinti, pageltę, trupantys, paveikti biokorozijos, bet labai reikalingi…
Muziejaus bibliotekoje saugomas ir nuo 1995 m. pačių muziejininkų leidžiamo kuklaus leidinėlio „Muziejaus naujienos“ komplektas. Jame buvo pateikiami svarbiausi muziejaus įvykiai: organizuoti renginiai, gauti vertingiausi eksponatai, užrašyti įdomiausi atsiminimai, fiksuoti žymių svečių apsilankymai… Planuotas leisti kas ketvirtį leidinukas, nors ir pakeitęs stilių, maketavimo manierą bei pasipuošęs spalvingomis iliustracijomis – nuo Nr. 46 nebebuvo leidžiamas.
Nuo 2006 m. biblioteka pasipildė muziejininkių Jūratės Miliauskytsė ir Raimonda Ramanauskienės sudarytais taikomosios dailės – rankšluosčių, lovatiesių, riešinių–kojinių–pirštinių, patalynės, galvos apdangalų, medinės skulptūros – projektiniais rinkinių leidiniais.
Muziejaus bibliotekoje saugojama ir 2006 m. Algimanto Muturo parašyta knyga „Apie ką kalba cerkvės varpai“. Joje aprašomas Viekšnių stačiatikių cerkvės parapijos gyventojų visuomeninis gyvenimas, švietimas, dvasinis ugdymas, buitis, santykiai su kaimynais lietuviais. O A. Muturo knygos „Tegul geriau gegutė užkukuoja…“ (2006 m.) apie rezistencinį judėjimą Mažeikių apskrityje ir „Žydų pėdsakai Mažeikių žemėje“ (2005 m.) – taip pat praturtino biblioteką. 2014 m. Mažeikių muziejus išleido kraštotyrinę knygą apie Mažeikių rajone praėjusiais šimtmečiais veikusius ir šiandien dar tebesančius vandens malūnus „Malu malu viena…” (autorė muziejininkė Aldona Butkuvienė), kuri taip pat įregistruota bibliotekoje.
2018 m. Lietuvos valstybės atkūrimo šimtmečio proga išleistas fotografijų albumas „Mažeikių istorinė fotografija XIX a. pab. – 1940 m.“, sudarytojas – vyr. muziejininkas Vytautas Ramanauskas. Knygoje publikuojamas įvadinis Povilo Šverebo straipsnis „Mažeikiai ir jo kraštas Nepriklausomybės šviesoje“, Vytauto Ramanausko straipsniai „Istorinė Mažeikių apžvalga“, „Mažeikių istorijos fotometraštininkai“ bei 190 fotografijų, suskirstytų į atskirus skyrius. Knygos išleidimą rėmė Lietuvos kultūros taryba ir Mažeikių rajono savivaldybė.
Tais pačiais metais pristatytas pirmasis leidinys apie Viekšnių vandens malūną. Medžiagą jam parengė žinomas šiame krašte kraštotyrininkas Bronislovas Kerys. Tai projektinis leidinys, kurį rėmė Mažeikių rajono savivaldybė, išleistas 170 egzempliorių tiražu, turintis virš 100 puslapių. Knygelėje aprašyti vandens malūnams būdingi grūdų apdorojimo procesai, pateikta malūno istorija esanti dokumentuose, leidiniuose, spaudoje, bei muziejaus archyve. Knygelė gausiai iliustruota malūno vidaus įrangos fotonuotraukomis. Viršelį puošia mokytojos Aleksandros Norbutienės tapybos darbas „Viekšnių malūnas“.
2019 m. išleistas Rašytojos Šatrijos Raganos memorialinio muziejaus informacinis lankstinukas, kurį parengė ekskursijų vadovė Erika Skeivienė, tekstą į anglų kalbą vertė Viekšnių gimnazijos moksleivės Agnė Drazdauskaitė ir Darija Jurkutė. Leidybai lėšas skyrė Mažeikių rajono savivaldybė.
2019 m. Mažeikių muziejus išleido atvirlaiškių seriją „Senieji Mažeikiai“. Atvirlaiškiuose panaudotos fotografijos iš Mažeikių muziejaus fondų. Fotografijose vaizduojamos Laisvės, Vasario -16-osios gatvės, potvynis Mažeikiuose. Tai puiki proga Mažeikių miesto gyventojams ir svečiams susipažinti su miesto istorija ir palyginti, kaip per laiko tėkmę pasikeitė mūsų mylimas miestas.
2020 m. Mažeikių muziejų pasiekė išleistas antrasis papildytas knygos „Mažeikių istorinė fotografija XIX a. pab. – 1940 m.“ leidimas, skirtas Mažeikių savivaldos 100-mečiui pažymėti. Knygoje du nauji skyriai, pakeista 40 fotografijų. Leidinio sudarytojas, kaip ir pirmojo leidimo, – vyr. muziejininkas Vytautas Ramanauskas, rėmėja – Mažeikių rajono savivaldybė.
2021 m. išleista Vinco Ramanausko atsiminimų knyga „Iš atminties pariestinių“. Pariestinis – namo dalis tarp stogo ir lubų, palėpė, papastogė (www.zodynas.lt). Knygos autorius Purplių kaime, Laižuvos valsčiuje, 1931 m. gimęs ir augęs Vincas Ramanauskas, buvęs Mažeikių muziejaus sargas, sargaudamas prirašė keturis sąsiuvinius pasakojimų apie savo vaikystę, jaunystę, istorinius lūžius gimtajame kaime ir Mažeikiuose. Turėjo praeiti ne vienas dešimtmetis, kol rašiusiojo sūnus – vyr. muziejininkas Vytautas Ramanauskas ėmėsi šios knygos sudarymo reikalų. Rėmėjai Mažeikių rajono savivaldybė, UAB „Juodgidaׅ , Zuzana Ramanauskaitė – Butienė.
Tais pačiais metais Mažeikių muziejus organizavo knygos „Mažeikių kultūros kelias“ leidybą. Jos autorė – ilgametė Mažeikių kultūros centro direktorė Krista Kinčienė. 255 puslapių knyga – tai susitikimas su Mažeikių krašto kultūros istorija, jos ištakomis nuo 1905 iki 2021 metų. „Tai knyga apie žmones, kurie mokė ir moko pažinti dainos, šokio grožį, vaidybos, muzikos meną, kurių sukurtas melodijas girdėjo Ventos pakrantės ir šimtamečiai ąžuolai. Apie žmones, kuriems egzistavo poreikis burtis, šviestis ir šviesti. Knygoje, gausiai iliustruotoje nuotraukomis, remiamasi dokumentine medžiaga bei pačios autorės atsiminimais ir įspūdžiais apie reikšmingas kultūros aktualijas.“ Lėšų knygai išleisti skyrė AB „Orlen Lietuva“ ir Mažeikių rajono savivaldybė.
2022 m. buvo išleisti du katalogai. Tai ilgamečio rajoninio laikraščio fotokorespondento, fotomenininko Jono Strazdausko (g. 1947) jubiliejinės parodos katalogas „Šiapus ir anapus objektyvo”, kuriame pristatomos 40 metų kūrybinio laikotarpio fotografijos. Teksto autorius Povilas Šverebas. Rėmėja Mažeikių rajono savivaldybė. Ir antras – dailininko Vlado Lisaičio Mažeikių muziejui dovanotų kūrybos darbų katalogas. Sudarytojas, kaip ir pirmojo, – vyr. muziejininkas Vytautas Ramanauskas.